Сюжет начинается от смерти Сасори. Сам Сасори не умерает потому, что Лидер знал о новом механическом сердце, которое было связано с тем, что было уничтожено. Он вставил сердце в тело Сасори и тот снова стал жить так, как жил раньше.
Получив Шукаку Пейн готовит членов организации к войне. Орочимару тоже готовит своих ниндзя к войне, он собирается первым нанести удар по Конохе. Слух о войне доходит до Цунаде слишком поздно и она собирает малое количество шиноби для сопротивления.
Суна также готовится к новым сражениям. Гаара отпраляет Темари в Коноху для заключения военного союза и прошения нескольких шиноби для защиты деревни.